Les frais de fonctionnement de la Cour sont à la charge du Conseil de l’Europe (article 50 de la Convention).

La Cour n’est pas dotée d’un budget propre, car elle est financée par le budget global du Conseil de l’Europe. À ce titre, le budget de la Cour est soumis à l’approbation du Comité des Ministres du Conseil de l’Europe au cours de son examen du budget global de l’organisation. Le Conseil de l’Europe est financé par des contributions provenant des quarante-six États membres, qui sont fixées en fonction de barèmes tenant compte de la population et du produit national brut.

Le budget de la Cour pour 2024 s’élève à 85 163 700 euros. Ce montant couvre la rémunération des juges, les salaires du personnel et les dépenses opérationnelles (informatique, voyages officiels, traduction, interprétation, publications, frais de représentation, assistance judiciaire, missions d’enquête, etc.). Il n’inclut pas les dépenses de construction et d’infrastructure (téléphone, câblage, etc.), qui relèvent d’une ligne distincte du budget du Conseil de l’Europe.

Le greffe dispose d’un service des finances et du contrôle interne, qui s’occupe de la gestion quotidienne du budget de la Cour, sous l’autorité du greffier.